Cependant, la recherche et le choix de sites posent problème: si chacun est d'accord sur le principe du centre d'enfouissement contre celui de l'incinérateur, en revanche, chacun en souhaite l'installation chez le voisin.
La forte opposition de la population et des communes est justifiée par les nuisances que peuvent engendrer les centres d'enfouissement pour la santé et l'environnement.
C'est pourquoi, beaucoup d'associations (défense de l'environnement, consommateurs) se mobilisent pour exiger du Sysem des garanties suffisantes de sélection du déchet ultime.

Ce déchet ultime doit être un déchet "propre" c'est à dire exempt de tout ce qui peut fermenter et donc polluer : émanations de gaz (méthane, sulfure d'hydrogène), émissions de liquides, dégagements d'odeurs.

Ceci implique en amont, une collecte des déchets qui élimine complètement tout ce qui est recyclable et fermentescible.

Si ces GARANTIES, qui n'existent pas à l'heure actuelle, sont apportées, alors les centres d'enfouissement des déchets ultimes (CSDU) deviendront acceptables. On peut citer Lorient qui possède ce type de CSDU.

Il faut donc que le Sysem s'engage.

Les associations demandent également que la collecte et le traitement des déchets soient effectués par bassin versant. C'est à dire qu'il faut cinq à six CSDU de dimension moyenne au lieu de deux importants actuellement envisagés. Ceci afin d'assurer entre autres un meilleur contrôle par la population locale.

Par ailleurs, les associations émettent des réserves sur l'outil de traitement: UTMB (Usine de Tri Mécano Biologique) qui produira selon elles un engrais de mauvaise qualité (avec encore par exemple des produits chimiques, des antibiotiques.... ) économiquement peu valable. Avant tout, une cohérence doit être obtenue entre la collecte des déchets et le traitement, alors que pour l'instant chaque établissement public de coopération intercommunal a sa propre politique de collecte.